看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
缅因猫兽再度开始暴走。
“不能让你诞生在世上…”
从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
望月芽心的玛丽苏剧吧，强拉CP，全员爱她，太一兄妹也是倒霉。其实怎么卖情怀我都吃，但是你也别毁啊…………
真的神烦望月芽心，整天哭哭唧唧还死矫情，只想安安静静看初代啊！
这次实在忍不住打低分…我明白编剧不想延续前作讲故事的方法，想有些创新，想让这部有点深度、内涵…但是你既讲不好故事，打斗场面又是一塌糊涂…俨然成了四不像。其实我们就想看像前作那样老老实实的讲好故事，不要扯这扯那的，看着心累。还有就是眼睛妹的角色定位就是本篇最大的败笔！
