晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
作为正牌东岛人，柯南可比神都龙王厉害多了，嗷的一嗓子口吐莲花，小兰就从海里坐起来了。另外比较吸引人的是，服部在车里把和叶推倒了，最后，和叶嘤嘤的哭了起来。
日本海军就这水平，今年不用担心甲午海战了~
我想看到的是柯南还是那么勇敢，足球还是踢得很好，小兰还是他的最爱，少年侦探团还是他的好朋友。平次还是不服输，身边还是陪着和叶。 高木还是佐藤的搭档。毛利还是沉睡的小五郎。 身边的事物变得太快，能有些不变的东西其实已经很难了。
